تسعى وزارة البيئة لتطبيق مواد القانون بمفهومها الشامل مما يضمن حماية البيئة المائية بشكل عام ونهر النيل وفروعه بشكل خاص من التلوث بما يعود بالنفع على جميع المواطنين وذلك عن طريق تضافر الجهود مع الجهات المعنية لتعظيم الاستفادة من الامكانات الحكومية المختلفة. كما إن وزارة البيئة لا تألو جهداً فى الحفاظ على نوعية مياه نهر النيل من التلوث عن طريق تكثيف الاجراءات الكفيلة برصد مصادر التلوث ورصد نوعية المياه والعمل على وضع الأولويات لمنع التلوث المباشر وغير المباشر على نهر النيل. وكنتيجة للزيادة السكانية المطردة والتقدم الصناعى تعددت مصادر التلوث على نهر النيل كالآتى: مخلفات صناعية سائلة. مياه الصرف الصحى. مياه الصرف الزراعى. تلوث مياه النيل بصرف السفن والفنادق العائمة. وفيما يلى نسرد الاجراءات التى تقوم بها وزارة البيئة للحد من تلوث مياه نهر النيل: أولاً: فيما يخص التلوث بالصرف الصناعى: تقوم حالياً الوزارة بعدة إجراءات ما من شأنها الحد من التلوث بمياه الصرف الصناعى وهى: إيقاف الصرف الصناعى غير المعالج على نهر النيل وفروعه أو على المجارى المائية المؤدية إلى نهر النيل مع استغلال مياه الصرف الصناعى المعالج فى زراعة الغابات الشجرية أو الأشجار المحيطة بالمصانع أو إعادة تدويرها داخل المصنع.
ويتم التنسيق مع وزارة الزراعة للتحكم فى وترشيد استخدام المبيدات الزراعية وكذلك عدم استخدام المبيدات التى تبقى بالتربة والمياه وقت طويل دون تحلل. رابعاً: فيما يخص التلوث بصرف السفن والفنادق العائمة: يتعرض نهر النيل للتلوث نتيجة للأنشطة المختلفة المؤثرة عليه سواء الصناعية أو الزراعية أو السياحية وغير ذلك. وتعتبر الفنادق العائمة (من ضمن الأنشطة السياحية التي تؤثر سلبا علي نوعية المياه بنهر النيل إذا لم يتم مراعاة البعد البيئي في إدارة الصرف السائل بها). وتنفيذاً للقرارات والتوصيات الصادرة عن المجلس الأعلى لحماية نهر النيل من التلوث والتى إنتهت الى ضرورة نقل الصرف عبر صنادل نهرية مجهزة الى شبكة الصرف الصحى وما أقرته تعديلات قانون حماية نهر النيل رقم 48 لسنة 1982ولائحته التنفيذية المعدلة بالقرار رقم 92 لسنة 2013 بحظر الصرف أو إلقاء أى من المخلفات على المجرى المائى. لذا تقوم وزارة البيئة ببذل الكثير من الجهد لحل مشكلة إستقبال صرف المخلفات السائلة للعائمات النهرية ومنع الصرف نهائياً على نهر النيل فى المنطقة الواقعة مابين محافظتى الأقصر وأسوان على نهر النيل بالتنسيق مع الوزارت والجهات المعنية.